Родился в д. Сеткасы Ядринского района в 1949 году. В 1966 году окончил Балдаевскую школу с золотой медалью. После школы поступил в Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова на астрономичское отделение. В годы учебы в МГУ занимался математикой, астрономией, физикой, космологией. В.Г.Агаков является автором больше 100 научных работ, посвященных математике, астрофизике: «Элементарная математика и начала анализа», «Стратегические направления модернизации системы образования в России».